Una PC de ayuda

Sea parte del mayor laboratorio del mundo. Stanford le pide su computadora sólo unos minutos para e
Mariano Garza Cantú

No hace falta dar un donativo monetario, basta con permitir que la -Universidad de Stanford haga uso de su máquina mientras usted no la está -utilizando en su casa u oficina. Y es que de todo el tiempo que una computadora -permanece prendida, aproximadamente 25% no está siendo empleada porque su -propietario se levantó por agua, está haciendo una llamada telefónica o -simplemente fue a comer.

- ¿Y para qué querría la Universidad de Stanford su PC? Para encontrar la -cura de enfermedades como Alzheimer, Encefalopatía Espongiforme Bovina, mejor -conocida como el mal de las vacas locas, de Creutzfeldt-Jacob, la Esclerosis -Lateral Amiotrófica y el mal de Parkinson.

- El programa Folding@Home de la universidad estudia el plegamiento proteico -normal y el anormal y simula estos plegados de las proteínas, por eso necesita -un gran poder de cómputo. La importancia recae en que cuando una proteína no -se pliega correctamente, entonces genera consecuencias graves que detonan en las -enfermedades antes mencionadas.

- Podría resultar extraño que una universidad eche mano de la ayuda de otros -para una investigación de esta naturaleza. No obstante, el profesor Vijay -Pande, responsable del proyecto, explica que la razón de solicitar la -colaboración masiva recae en que las supercomputadoras modernas equivalen a -grupos de cientos de procesadores unidos por una rápida conexión de red. La -velocidad de esos procesadores es comparable –y en muchas ocasiones más lenta– -que la de un procesador de computadora de escritorio.

- En la actualidad, más de un millón de personas en el mundo colaboran con la -casa de estudio en Folding@Home, un esquema basado en el cómputo distribuido. -Funciona empleando el procesador de cientos de computadoras con acceso a -internet cuyo común denominador es un programa de software que se descarga de -la página www.folding.stanford.edu.

- Pande asegura que el programa que el usuario tiene que descargar de internet -utiliza un algoritmo que no requiere una red de alta velocidad, por lo que -correrá igual de rápido en un cluster que en una supercomputadora. Sin -embargo, sí requiere cientos de miles de procesadores para hacer sus cálculos.

- Actualmente el millón de adeptos que han prestado el procesador de su -máquina a la Universidad de Standford equivale a un poder de cómputo de un cluster -de más de 10,000 PC.

- Ayuda distribuida
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Debido al buen resultado obtenido por Stanford, la Universidad de Oxford en -Inglaterra está haciendo lo propio. Su proyecto se llama United Devices Cancer -Research Project (Proyecto de Investigación de Cáncer de Dispositivos Unidos) -y es realizado por el Departamento de Química, en conjunto con la Fundación -Nacional para la Investigación del Cáncer.

- Funciona igual que el de Stanford, con un programa que el usuario baja de la -página electrónica y que actúa como protector de pantalla y nunca interfiere -con los procesos normales de la PC.

- En el momento en que el programa encuentra el plegamiento normal envía la -información a la Universidad de Oxford para su análisis.

- La ayuda electrónica
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Para obtener el programa Folding@Home entre a folding.stanford.edu.

- Allí bajará un programa que contiene un algoritmo que estudia el -plegamiento proteico normal y el anormal y simula estos plegados de las -proteínas que están involucradas en las enfermedades.

- El programa utiliza solamente el procesador de su computadora para encontrar -los plegamientos normales.

- Puede descargar dos tipos de programas: el primero es una consola gráfica -que está corriendo todo el tiempo mientras la computadora esté encendida. En -el caso de la consola se ve una ventana, como si fuese otro programa.

- El segundo empieza a trabajar en el momento en que la máquina no está -siendo utilizada. Funciona como un protector de pantalla y justo lo que se ve es -el screen saver de la visualización.

- En ambos casos existe un display gráfico. Se trata de una molécula -que se dibuja es la configuración atómica actual de la proteína en una -variedad de estilos.

- Existen dos formas: ball and stick (bola y palo), en que cada bola -representa un átomo y los palos el enlace entre ellos.

- En el modelo de llenado de espacio (Space-filling), cada esfera -rellena representa el volumen que los electrones ocupan alrededor de cada -átomo.

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- En ambos modelos los átomos de carbono se dibujan en gris oscuro, mientras -que los átomos de hidrógenos son gris claro, los de oxígeno son rojo, -nitrógeno es azul y sulfuro amarillo.

- Cuando el programa encuentra el plegamiento normal de una proteína lo manda -a la Universidad de Stanford y envía un reporte al usuario dándole a conocer -los avances que ha tenido el programa. Hasta ahora se ha podido simular el -plegamiento de varias proteínas en un rango de cinco a los 10 microsegundos, -con validación experimental.

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