Elegante, masivo, el Ateneo vive su tercera época. El que fuera Palacio Episcopal de Yucatán en 1573, representa junto con la Casa de Montejo y la Catedral (la más antigua de América sólo después de la de Santo Domingo), uno de los mayores emblemas con cariz eterno en la Ciudad Blanca.
Representó el poderío de los arzobispos durante 342 años para convertirse en botín político en la Revolución Mexicana, cuando el general sinaloense Salvador Alvarado derrota a las tropas del usurpador Victoriano Huerta y toma Mérida en 1915. Ya nombrado por Venustiano Carranza gobernador y comandante militar de Yucatán, Alvarado se acuartela en este palacio y lo incauta en junio del mismo año.
Por su ideología modernizadora, impulsa la reconstrucción cultural y civil de Yucatán, y entre otras acciones, encarga el proyecto de renovación del inmueble al arquitecto Manuel Amábilis Domínguez, convirtiéndose en la sede de la sociedad literaria “Ateneo Peninsular” que le da su nombre. La estructura estaba ligada a la Catedral mediante dos capillas que Amábilis demuele para dar pie al actual Pasaje de la Revolución. En esa época se instalan comercios de abolengo en Calle 60 (antes Av. Álvaro Obregón) y Calle 63, que vieron pasar el siglo XX a través de sus vitrinas y que con los años mudaron de dueños y de giros. Ha cobijado oficinas de gobierno y del ejército, e incluso al salón de baile “El Alba”.
Hacia los años 70 y 80 cae en descuido y en 1994 vive un resurgimiento clave para su rescate al ser elegido hogar del Museo de Arte Contemporáneo Ateneo de Yucatán.
Resultado de la actual intervención comenzada en mayo de 2006, las fachadas del Ateneo están siendo restauradas según la fisonomía que cobró entre 1915 y 1918 en estilo neoclásico.
Con 434 años a cuestas, el Ateneo es un ejemplo de longevidad y adaptabilidad que pocos edificios habitados pueden ostentar.