Manuel Muñoz fundó Grupo Indi en 1977 junto a su hermano Julio César Muñoz Cano, quien falleció el pasado 18 de diciembre. Además de la firma de construcción, ambos crearon la ganadería Caparica en 2006, que se encuentra ubicada en Michoacán.
Con Grupo Indi, que es una de las 100 empresas de la construcción más grandes de México, de acuerdo con la revista Obras, Manuel Muñoz fue el responsable de la construcción del Circuito Interior de la Ciudad de México y de un tramo del segundo piso del Periférico de San Jerónimo.
También lideró proyectos relevantes en la capital del país como El Centro Nacional de las Artes, el Senado de la República, la línea 5 del Metrobús y la Terminal y la Nueva Torre de Control del Nuevo Aeropuerto Internacional de la Ciudad de México.
En el interior de la República, el grupo fundado por los hermanos Muñoz Cano fue el encargado de construir el puente vehicular El Ojite en Tuxpan, Veracruz, la carretera México-Toluca y el puente Tampaón II en San Luis Potosí.
También lideró los proyectos Hotel Viva Whyndham Maya en Playa del Carmen, Quintana Roo, la nueva terminal portuaria del puerto de Veracruz y el sistema Cutzamala en el Estado de México.
Actualmente, se prevé que Grupo Indi participe en la construcción del Tramo 3 el Tren Maya.