El joven Álvarez se involucró en el trabajo de la cooperativa desde muy joven. Estudio Administración de Empresas en la Universidad Iberoamericana. Billy se interesó más en el equipo de futbol y llegó a la presidencia de este en 1986.
Llegó solo dos años después, en 1988, a la dirección de la cooperativa, debido a su gran conocimiento de la operación desde las entrañas.
Su etapa al frente de la cooperativa concluyó en agosto de 2020, cuando presentó su renuncia en medio de investigaciones por presuntas irregularidades financieras.
¿Qué pasó con la cooperativa Cruz Azul?
La disputa comenzó t ras la salida de Guillermo "Billy" Álvarez de la dirección general en 2020. La Unidad de Inteligencia Financiera (UIF) encontró posibles desvíos de recursos por más de 1,300 millones de pesos en transferencias internacionales y facturaciones apócrifas superiores a 200 millones de pesos.
Álvarez fue vinculado a proceso en enero de 2025 por su probable participación en los delitos de operaciones con recursos de procedencia ilícita y delincuencia organizada. La Fiscalía General de la República (FGR) señalaba a Álvarez por el presunto "lavado" de 114 millones de pesos de la cooperativa, a través de empresas factureras.
La acusación indicaba que, durante al menos seis años, los investigados se organizaron para disponer reiteradamente de recursos propiedad de la cooperativa.
Los señalados autorizaban y realizaban pagos de facturas por servicios inexistentes a empresas que facturan operaciones simuladas, sin contar con facultades de representación de la sociedad agraviada, con lo que ocultaron o pretendieron ocultar el destino de los recursos ilícitos.
Se estima que el modus operandi derivó en un daño a la cooperativa por varios cientos de millones de pesos.