La facción propuso a Duterte para la vicepresidencia, un movimiento que los críticos calificaron de táctica de Duterte para conservar el poder.
Go rechazó la candidatura, pero el quiebre entre las facciones de Pacquiao y Duterte se ha profundizado.
"Soy un luchador y siempre lo seré dentro y fuera del ring", dijo Pacquiao, de 42 años y senador, en un discurso transmitido en directo durante la asamblea. "Acepto su nominación como candidato a presidente de la República de Filipinas".
La facción de Pacquiao no ha expresado su apoyo a la candidatura de Duterte a la vicepresidencia. La Constitución prohíbe a Duterte presentarse a un segundo mandato de seis años como presidente.
Pacquiao, uno de los mejores boxeadores de todos los tiempos y el único hombre que ha ganado títulos mundiales en ocho divisiones diferentes, no dijo nada sobre la continuidad de su carrera profesional de 26 años.
A pesar de su popularidad, Pacquiao está por detrás de los favoritos en las encuestas de opinión, que han sido encabezadas constantemente por la hija de Duterte, Sara Duterte-Carpio.
En julio, Pacquiao había perdido el liderazgo del PDP-Laban, semanas después de desafiar a Duterte por su posición sobre China y frente a la corrupción, pero su destitución fue rechazada por su facción.