Los dos cayeron fuera de la zona económica exclusiva de Japón y las autoridades estaban investigando de qué clase eran, incluyendo la posibilidad de que hayan sido lanzados desde submarinos, dijo.
Corea del Norte, que tiene armas nucleares, había probado el martes un misil balístico que llegó más lejos que nunca, sobrevolando Japón por primera vez en cinco años, lo que provocó una alerta para que los residentes se pusieran a cubierto.
Ino dijo que Tokio no toleraría las repetidas acciones de Corea del Norte.
Corea del Norte, que ha llevado a cabo pruebas de misiles y nucleares desafiando las sanciones de la ONU, dijo el sábado que sus pruebas de misiles eran para defenderse de las amenazas militares directas de Estados Unidos y que no habían perjudicado la seguridad de los países y regiones vecinos.
"Nuestras pruebas de misiles son una medida de autodefensa normal y planificada para proteger la seguridad de nuestro país y la paz regional frente a las amenazas militares directas de Estados Unidos", dijo el medio estatal KCNA, citando a un portavoz de la administración aérea.
Estados Unidos y Corea del Sur realizaron el viernes unas maniobras marítimas conjuntas, un día después de que Seúl usó aviones de combate como reacción a un aparente simulacro de bombardeo norcoreano.
Lanzamientos de misiles: Corea del Norte, EU, Japón y Corea del Sur
Estados Unidos también anunció el viernes nuevas sanciones en respuesta a los últimos lanzamientos de misiles de Corea del Norte.