El alto tribunal secundó la opiniones de tribunales inferiores y consideró que sería "caprichoso" y "arbitrario" poner fin al programa que da protección contra las deportaciones y permisos de trabajo a estos jóvenes, principalmente oriundos de América Latina y muchos de los cuales no recuerdan su país de origen.
La decisión se tomó por 5 votos a favor y cuatro en contra.
A menos de cinco meses de las elecciones, Trump calificó la decisión en Twitter como "horrible" y "políticamente cargada".
"¿No les da la impresión de que no le gusto a la Corte Suprema?", inquirió el mandatario después de que en la misma semana el alto tribunal emitiera una opinión sobre los derechos de los trabajadores homosexuales y transexuales que molestó a Trump.
La decisión no impide que Trump vuelva a intentar poner fin al programa, pero es poco probable que lo logre antes de las elecciones del 3 de noviembre en las que el republicano buscará la reelección.
"Estoy pidiendo una solución legal para el DACA, no política, consistente con el estado de derecho. La Corte Suprema no está dispuesta a darnos una, así que ahora tenemos que comenzar este proceso nuevamente", tuiteó Trump, que no dio otros detalles sobre cómo planeaba proceder.
El fallo significa que los aproximadamente 649,000 inmigrantes, en su mayoría adultos jóvenes nacidos en México y otros países latinoamericanos, actualmente inscritos en DACA permanecerán protegidos contra la deportación y serán elegibles para obtener permisos de trabajo renovables de dos años.