En un bloque de viviendas públicas del barrio de Kwai Chung se detectaron al menos 20 casos confirmados o preliminarmente positivos, dijo la jefa de Salud Sophia Chan.
"Está claro que hay un brote y la situación es preocupante", dijo Chan a los periodistas.
Un guardia de seguridad, un limpiador y varios residentes que viven en pisos no adyacentes fueron infectados, y se cree que el origen del contacto es un hombre que visitó el edificio el 13 de enero.
"Estos focos de infección implican una superdifusión y son de un riesgo extremadamente alto", añadió Chan.
Según Edwin Tsui, que dirige el Centro de Protección de la Salud, el virus podría haber sido propagado por un limpiador que tuvo que trabajar piso por piso.
Los cerca de 2,700 residentes tendrán que permanecer en casa hasta el 26 de enero y someterse a pruebas diarias.
Al igual que China, Hong Kong reacciona ante el más mínimo rastro del virus con el cierre de fronteras, el rastreo de contactos, cierres selectivos y largas cuarentenas.
Esta cuarentena de cinco días es la más larga ordenada hasta ahora en la ciudad. Anteriormente, los confinamientos en edificios habían sido nocturnos y se permitía a los residentes salir con una prueba negativa.
Las personas positivas son trasladadas a salas de aislamiento y los contactos cercanos, a un campo de cuarentena del gobierno.
El Ejecutivo de Hong Kong ha dicho que proporcionará alimentos y suministros a los residentes afectados.