Pero la obra no ha estado exenta de desafíos y controversias. El costo total del proyecto se elevó a más de 230,000 millones de pesos, superando en 1,000 millones el presupuesto inicial. Modificaciones en el diseño, cambios en la ruta y desafíos legales, incluyendo amparos ambientales, han marcado el Tren Maya. La obra civil aún no está completa, pero se han realizado pruebas.
Una de las grandes incógnitas que rodean el proyecto es su capacidad de cumplir con la promesa de atraer más turismo de manera rentable. El secretario del ramo, Miguel Torruco, ha señalado que el Tren Maya desempeñará un papel crucial en el proceso de regionalización del turismo, ya que pretende conectar zonas arqueológicas y hoteles, prometiendo traer hasta 3 millones de viajeros adicionales, según estimaciones de la dependencia.
La pregunta fundamental es si un tren resulta suficientemente atractivo para incentivar el turismo. Se ha mencionado el caso de Perú, donde la recuperación de una vía ferroviaria de casi 1,000 kilómetros ha atraído a 2.2 millones de pasajeros, principalmente, turistas que visitan el Santuario Nacional de Machu Picchu. Aunque esta ruta ha registrado utilidades, el desafío para el Tren Maya radica en competir con cuatro aeropuertos en la región turística, lo que podría limitar su movimiento.