Las relaciones bilaterales se han complicado en los últimas semanas tras la detención en abril del exvicepresidente ecuatoriano Jorge Glas, en una irrupción de policías y militares ecuatorianos en la embajada mexicana en Quito donde éste se refugiaba desde diciembre.
México y Ecuador se han demandado ante la Corte Internacional de Justicia tras el arresto de Glas; siendo la razón de la queja mexicana el allanamiento de su embajada en Quito, mientras que Ecuador acusa al país norteamericano de conceder asilo ilegalmente al exvicepresidente.
Las dos naciones rompieron sus relaciones diplomáticas tras el incidente, lo que supone que desde entonces han dejado de tramitar visados, pasaportes y otros documentos en el otro país, por lo que quienes precisen hacer trámites consulares rutinarios deben realizarlos en naciones vecinas.