Unos días después de los comicios, Mursi renunció a su partido político para demostrar que él representaría a todos los egipcios como presidente. El 30 de junio, asumió como presidente de Egipto, el primero elegido de manera democrática.
Ya en el poder, anuló el edictó militar que había disuelto el parlamento. Los legisladores tuvieron su primer sesión desde abril de 2012 el 10 de julio, momento en el que votan para apelar la invalidación de las elecciones parlamentarias del 14 de junio. El Tribunal Constitucional Superior niega la apelación y considera que el parlamento actual es inválido.
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Su breve mandato, de apenas un año de duración, fue muy polémico y agitado, y en varias ocasiones hubo protestas en las calles en contra de sus políticas consideradas no inclusivas y radicales, sobre todo por la minoría cristiana de Egipto, las mujeres y los sectores más liberales.
La polarización en el país fue en aumento a lo largo de 2013 hasta las masivas manifestaciones del 30 de junio para pedir su renuncia y la convocatoria de elecciones anticipadas.
La sorprendente irrupción de las Fuerzas Armadas con un ultimátum de 48 horas significó el comienzo del fin para Mursi, quien hasta el final se negó a dar su brazo a torcer y a dialogar con la oposición.
El 3 de julio, los militares, encabezados por el actual presidente del país, Abdelfatah al Sisi, acabaron apartándolo del poder por la fuerza y fue detenido por su propia guardia presidencial en el palacio de Ittihadiya.
También fue acusado de fomentar actos de terrorismo.
Mursi estaba cumpliendo una sentencia de 20 años de cárcel por una condena relacionada con la muerte de manifestantes durante las manifestaciones de 2012 y una cadena perpetua por espionaje en un caso relacionado con Qatar.