Putin pidió al Banco Central y al gobierno que pongan en marcha "en el plazo de una semana" el nuevo sistema, que debe ser "claro, transparente" e implica "la adquisición de rublos en el mercado de divisas ruso".
El anuncio tuvo un efecto inmediato en la moneda rusa, que se fortaleció frente al euro y el dólar tras haberse desplomado desde el 24 de febrero, cuando las fuerzas rusas entraron en Ucrania.
Putin también insinuó que otras exportaciones rusas se verán afectadas.
Los países occidentales han congelado unos 300,000 millones de dólares de reservas rusas en el extranjero, un "robo", dijo el miércoles el jefe de la diplomacia rusa, Serguéi Lavrov.
"Está claro que entregar nuestras mercancías a la UE, a Estados Unidos, y recibir dólares, euros y otras monedas ya no tiene sentido para nosotros", dijo Putin.
Putin dijo que el Gobierno y el Banco Central tenían una semana para encontrar una solución sobre cómo trasladar estas operaciones a la moneda rusa y que se ordenaría al gigante del gas Gazprom GAZP.MM que hiciera los cambios correspondientes en los contratos de gas.
Según Gazprom, el 58% de sus ventas de gas natural a Europa y otros países se liquidaban hasta el 27 de enero en euros. Los dólares estadounidenses representaban cerca del 39% de las ventas brutas y la libra esterlina alrededor del 3%.
