Regresó a Dealwere en 1997, compró una casa histórica en la que vivía con su esposa, hijos y su hermano mayor, Beau. Asumió como vicepresidente ejecutivo del banco MBNA, pero el ambiente corporativo no le gustó y renunció al cargo.
Sin embargo, ahí también comenzaron los dolores de cabeza para Biden, pues el puesto de su hijo era considerado un posible conflicto de interés, ya que el banco MBNA es un conocido donante de muchas de las campañas de Biden al Senado de Estados Unidos.
Al igual que su hermano Beau, quien llegó a ser fiscal por Delawere antes de morir de cáncer en 2015, Hunter buscó seguir los pasos de su padre en la política.
En 1998, contactó a William Oldaker, un abogado con sede en Washington DC que había trabajado en la campaña presidencial de Joe Biden en 1987 para conseguir un trabajo en la administración del presidente Bill Clinton, según The New Yorker.
Oldaker conectó a Hunter Biden con el secretario de Comercio William Daley, quien había trabajado con Joe Biden y se unió a Hunter por ser de familias políticas, según The New Yorker.
Luego, Hunter Biden fue designado para el departamento por el presidente Bill Clinton y se desempeñó desde 1998 hasta 2001 como director en el Departamento de Comercio, centrándose en cuestiones de política de comercio electrónico.
Hunter Biden mudó a su joven familia a un elegante vecindario de Washington, DC para el papel, donde comenzó a establecerse como un jugador de DC, aunque luego reveló que su salario apenas cubría la casa de la familia, la educación de los niños y los gastos de manutención.