Estrecho colaborador del anterior presidente, Rahmon Nabiyev (1991-1992), Rahmon jugó un papel fundamental en la lucha de los comunistas para expulsar a los rebeldes islamistas y demócratas de Dusambé, capital de Tayikistán.
En otoño de 1992, cuando Nabiyeb fue depuesto por los rebeldes, Rahmon fue elegido Presidente del Comité Ejecutivo del Consejo de Diputados del Pueblo de la provincia de Kulyab.
El 6 de noviembre de 1994, Emomali Rahmon fue elegido presidente de la República de Tayikistán por votación nacional.
El 6 de noviembre de 1999, Emomali Rahmon fue reelegido de forma alternativa y por votación nacional y asumió el cargo de Presidente de la República de Tayikistán por un periodo de siete años.
Aunque en la constitución aprobada en 1999, la reelección no estaba permitida, Rahmon ha logrado ser ratificado en el puesto en tres ocasiones más:
• El 6 de noviembre de 2006, Emomali Rahmon fue elegido presidente de la República de Tayikistán por otro mandato de siete años.
• El 6 de noviembre de 2013, Emomali Rahmon, con 84.23 % de los votos, ganó la elección ordinaria de presidente de la República de Tayikistán.
• El 11 de octubre de 2020, Emomali Rahmon, habiendo obtenido 90.92% de los votos, fue reelegido para el cargo de Presidente de la República de Tayikistán.
Rahmonov, como todavía se le conocía entonces, desde fines de la década de 2000 expulsó gradualmente a los miembros de la oposición de todos los cargos dentro de su gobierno.