Sin embargo, si la colaboración de Blair en el conflicto afgano contó con el apoyo político y de la opinión pública británica, no ocurrió lo mismo con la invasión de Irak dos años más tarde.
Blair, Bush y otros líderes internacionales justificaron que la intervención militar pretendía desarmar a Irak de unas "armas de destrucción masiva" que nunca llegaron a encontrarse y cuya existencia quedó sin demostrarse.
Esta posición, duramente criticada por la opinión pública y parte del Partido Laborista, le provocó un fuerte desgaste político, con la dimisión de cuatro ministros en 2003 y su cuestionamiento en el Parlamento, donde fue acusado de manipular la información con la que se justificó la guerra y fue sometido a una investigación siete años más tarde.
Las explosiones del 7 de julio de 2005 en Londres por terroristas suicidas musulmanes nacidos en Reino Unido llevaron a Blair a tratar de restringir las libertades civiles, otra causa de división pública.
Durante el verano de 2006, muchos parlamentarios criticaron a Blair por no pedir un alto el fuego en el conflicto entre Israel y el Líbano, lo que aumentó la presión en el Partido Laborista para pedir su dimisión como líder de la formación.
A finales de junio de 2007, Blair dimitió como jefe del gobierno británico, pero tras su marcha del número 10 de Downing Street fue confirmado como enviado para Oriente Medio del llamado 'Cuarteto' (Naciones Unidas, la Unión Europea, Estados Unidos y Rusia) y renunció a su escaño parlamentario.
