Tanto Honduras como en El Salvador eran gobernados por dictaduras. En ambas naciones predominaba la alta concentración de la tierra, pero la diferencia era que en El Salvador imperaban los latifundios, que funcionaban sobre la base de la concesión de pequeñas parcelas a los locales para el cultivo y consumo familiar; de su parte, en Honduras las tierras estaban bajo el dominio de empresas bananeras transnacionales entre las que destacaban la Standard Fruit y la United Fruit. En este sentido, había otro factor, aparte de la concentración de la tierra, que vinculaba a estos dos países: la movilidad migratoria de salvadoreños hacia Honduras, que hasta fines de los años 60 se ubicaba por encima de los 300,000 asentados. Esta población se integró como beneficiaria de la política de concesión de parcelas en Honduras.
Como parte de la presión de los grandes latifundistas en Honduras, el general Oswaldo López Arellano, el dictador en Honduras, da vida a una reforma agraria cuyo objetivo no era modificar el sistema de dominio de las tierras, sino quitar las tierras a los salvadoreños que habían sido beneficiarios pero que no tuvieran títulos de propiedad. El plan era remover a estas poblaciones y repartir las tierras a nacionales.
Dos factores adicionales acrecentaron la tensión entre ambos países. Por un lado, una inconclusa negociación sobre las delimitaciones fronterizas que se habían iniciado desde la segunda mitad del siglo XIX y cuya indefinición había promovido la construcción de narrativas en cada país sobre sus delimitaciones. Un factor adicional era la ventaja comercial en favor de El Salvador generada por la firma en 1960 del Tratado General de Integración Económica Centroamericana, que daría pie a la conformación del Mercado Común Centroamericano (MCCA). Este tratado, que integraba a Costa Rica, Nicaragua, Honduras, El Salvador y Guatemala, se había mostrado muy favorable a El Salvador, lo que generó inconformidades de parte de los hondureños. Como ha sido característico en países vinculados por sus migraciones, en Honduras se atribuyó a los inmigrados salvadoreños la condición de fuente de los problemas del país.
Aunado a sus problemas de gestión interna, huelgas y represión de los movimientos opositores, entre otros, en junio de 1969 se celebra una serie de tres partidos de futbol entre El Salvador y Honduras, cuyo ganador asistiría al Mundial de México que se celebraría en 1970. El primer encuentro se celebró en Honduras el 8 de junio y fue ganado por los catrachos por marcador de 1 a 0. Sin embargo, al parecer el marcador fue el tema menos importante, ya que en El Salvador se denunciaron agresiones y vejaciones en contra de sus nacionales, por lo que los medios de comunicación llamaron a la venganza en el segundo partido que se celebraría en El Salvador el 15 de junio. Este partido fue ganado por los salvadoreños por marcador de 3 a 0. Tal como se había amenazado, los hondureños sufrieron diversas agresiones en correspondencia a las que los salvadoreños padecieron en Honduras. Con ese estado de situación, la política de remoción de los salvadoreños que aún vivían en Honduras se radicalizó. Tanto de un lado como de otro, las narrativas sobre el otro como enemigo se potenciaron a niveles tan altos que todo era cuestión de tiempo para que la tensión derivara en un enfrentamiento directo.
