En 1986, tras la llegada del primer virus informático en las computadoras personales, John decidió emprender en una compañía que contraatacara esas amenazas y pocos años después, McAfee Associates llegó a facturar 5 millones de dólares al año, en parte gracias al virus Michelangelo, surgido en 1992 y que afectó a 5 millones de computadoras, según estimaciones de la empresa.
Para 1996, el empresario decidió vender sus acciones dentro de McAfee en cerca de 100 millones de dólares. A partir de entonces, su perfil en el mundo empresarial se hizo más reservado. No obstante, la crisis de 2008 impactó de manera negativa en su fortuna, la cual pasó de los 100 millones de dólares a 4 millones.
Después de ese fracaso, John David McAfee se mudó a Belice, donde fundó la empresa Quorumex, cuyo propósito era hallar un producto basado en plantas para combatir enfermedades, pero el negocio no salió de la mejor manera.
Si bien el fracaso de su empresa no le había significado atención de los medios, en 2012 regresó al ojo público después de que las autoridades de Belice lo comenzaran a investigar después de que su vecino apareciera muerto. Huyó del país antes de ser interrogado, pero terminó arrestado en Guatemala, acusado de entrada ilegal en el país.
