El tramo buscaba conectar desde Valladolid, en Mérida, a Tulum, en Quintana Roo, con una distancia de 193 kilómetros en la que existen 320 hectáreas de áreas vulnerables, por lo que se optará por hacer adecuaciones en la carretera Kantunil-Cancún, actualmente concesionada a la firma ICA, y el tramo continuará hacia Cancún para luego bajar a Tulum.
Parte de la modificación implicará utilizar el lado sur de la carretera para la cimentación del tren, mientras que el lado norte se haría una vía vehicular de dos sentidos. Debido a que la vía está aún bajo resguardo de ICA, Fonatur señaló que se dará algún tipo de resarcimiento, aunque no especificó si será una ampliación de la concesión u otro tipo de beneficio.
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Esto llevará a un breve retraso de la licitación del tramo 4 de 15 días, y prevé comenzar su construcción el 25 de mayo, que podría elevar el costo de las obras, aunque Jiménez Pons indicó que sería cubierto con otros ahorros que se han realizado.
El director del Fonatur descartó la modificación de otros tramos, salvo el llamado Tramo 1 Caribe, que va de Escárcega a Chetumal, que iniciará su construcción en 2021, y donde también se prevé la presencia de áreas vulnerables.