La justicia decidirá si formaliza la acusación.
El exmandatario había declarado ante la Policía Federal en Brasilia en mayo pasado por este caso. Su casa fue allanada en el marco de las pesquisas.
En esa comparecencia, negó las acusaciones y dijo que las autoridades intentaban "fabricar un caso" en su contra.
La policía sostiene que, a pedido de Bolsonaro, Mauro Cid, para la época su estrecho colaborador, introdujo la información falsa en el sistema.
"Recibí una orden del expresidente de la República, Jair Bolsonaro, para hacer las inserciones de datos falsos en nombre de él y de su hija Laura Bolsonaro, esos certificados fueron impresos y los entregué en manos del presidente", dijo Cid, según un extracto de su declaración policial incluido en el informe.
Cid, exedecán de Bolsonaro y considerado su mano derecha durante la presidencia, fue detenido preventivamente en mayo de 2023 bajo sospecha de "iniciar" la práctica de ilícitos.
En la trama también participaron otros subordinados de Bolsonaro, un médico y varios funcionarios sanitarios, un abogado y otros militares, de acuerdo con la policía.
Cid fue puesto en libertad meses después tras un acuerdo de delación premiada.
Derrotado en las elecciones presidenciales de octubre, Bolsonaro viajó a Estados Unidos el 30 de diciembre de 2022, dos días antes de la asunción del izquierdista Luiz Inácio Lula da Silva.